İmam Baqir əleyhissəlamın elm sədası İslam məmləkətinin hər yerinə elə yayılmışdı ki, o Həzrət "Baqirül-ülum” (elm qapılarını açan, elmi müşkülatı həll edən) ləqəbi almışdı.
İbn Həcər Heytəmi yazır: "Məhəmməd Baqir (əleyhissəlam) maarifin gizli dəfinələrini taparaq o qədər elmləri aşkar etmiş, həmçinin, əhkam və hikmətlərin həqiqətlərini, elmin incəliklərini bəyan etmişdi ki, bu məsələ bəsirət sahibi olmayan, ya da pis düşüncəli insanlardan başqa heç kimə gizli qalmamışdır. Elə buna görə də, onu elmləri yarıb özündə cəmləşdirən, elm bayrağını ucaldan adlandırmışlar.”
İmam Baqir əleyhissəlamın dövründə yaşamış görkəmli alim və böyük şəxsiyyət Abdullah ibn Əta deyir: "Mən İslam alimlərini heç bir məclisdə Məhəmməd ibn Əli əleyhissəlamın məclisindəki qədər elmi cəhətdən kiçik və aşağı səviyyədə görmədim. Elm və şəriət hökmlərində bütün aləmdə tanınan Həkəm ibn Üteybəni Məhəmməd Baqir əleyhissəlamın hüzurunda yüksəkrütbəli müəllim qarşısında diz çöküb əyləşən, onun şəxsiyyət və sözlərinə heyran qalan bir uşaq (şagird) kimi gördüm.”
İmam Baqir (əleyhissəlam) öz sözlərində adətən Qur’an ayələrinə istinad edərək Allah kəlamından şahid gətirir və buyururdu: "Dediyim hər hansı məsələni məndən soruşsanız ki, bu, Qur’anın harasındadır, mən o məsələyə aid olan ayəni sizə göstərərəm.”
İmam Baqir (əleyhissəlam) məktəbinin şagirdləri
İmam Baqir (əleyhissəlam) fiqh, hədis, təfsir və sair İslami elmlər sahəsində seçilmiş şagirdlər yetirmişdir. Onların hər biri böyük elmi şəxsiyyət hesab olunurdu. Məhəmməd ibn Müslim, Zürarə ibn Ə’yün, Əbu Bəsir, Büreyd ibn Müaviyə Əcli, Cabir ibn Yezid, Həmran ibn Ə’yun, Hişam ibn Salim kimi dahi şəxsiyyətlər İmam Baqir əleyhissəlamın yetirmələri olmuşlar. İmam Sadiq (əleyhissəlam) buyurardı: "Bizim məktəbi və atamın hədislərini dörd nəfər dirçəltdi. O dörd nəfər Zürarə, Əbu Bəsir, Məhəmməd ibn Müslim və Büreyd ibn Müaviyə Əcli olmuşdur. Əgər bunlar olmasaydı, bir nəfər din tə’limatı və Peyğəmbər məktəbindən istifadə edə bilməzdi. Bu neçə nəfər dinin gözətçiləri olmuşdur. Onlar dövrümüzdə yaşayan şiələrimiz arasında bizim məktəblə tanış olan ilk şəxslər olmuş, Qiyamətdə də hamıdan qabaq bizə qovuşanlar məhz onlar olacaqlar.”
İmam Baqir əleyhissəlamın şagirdləri öz dövrlərinin fəqih və hədisçilərinin başbilənləri olmuş, elmi mübarizə meydanında qeyri–şiə fəqih və qazılarından üstün idilər.
Elmləri fəth edən, bilik qapılarını açan
İmam Baqir əleyhissəlamın parlaq elmi əsərləri və İslam cəmiyyətinə təhvil verdiyi dəyərli şagirdləri İslam Peyğəmbərinin uzaqgörənliyini çin çıxartdı. Peyğəmbərin (səlləllahu əleyhi və alih) uzaqgörənliyini ehtiva edən bu hədisin ravisi (rəvayətçisi) İslamın ilkin çağlarının görkəmli şəxsiyyətlərindən biri olan Cabir ibn Abdullah Ənsaridir. İslam Peyğəmbərinin dostlarından olan və o Həzrətin ailəsinə xüsusi əlaqə ilə yanaşan Cabir deyir: "Bir gün Peyğəmbər (səlləllahu əleyhi və alih) mənə buyurdu: "Məndən sonra mənim nəslimdən olan elə bir şəxsi görəcəksən ki, onun adı mənim adıma, özü də mənə oxşayacaq. O, elm qapılarını camaatın üzünə açacaq.” İslam Peyğəmbəri bunu deyəndə hələ İmam Baqir (əleyhissəlam) dünyaya gəlməmişdi. Bu hadisədən neçə illər ötdü. Dördüncü İmamın dövrü yetişdi. Bir gün Cabir Mədinənin küçələrinin birindən keçəndə, gözü Həzrət Baqir əleyhissəlama sataşdı. Gördü ki, Peyğəmbərin (səlləllahu əleyhi və alih) buyurduğu bütün nişanələr onda var. Soruşdu: "Adın nədir?” Həzrət Baqir (əleyhissəlam) buyurdu: "Adım Məhəmməd ibn Əli ibn Hüseyndir.” Cabir onun alnından öpüb buyurdu: "Cəddin Peyğəmbər (səlləllahu əleyhi və alih) mənim vasitəmlə sənə salam göndərdi.” Cabir o gündən e’tibarən İslam Peyğəmbərinin hörmətini qorumaq və İmam Baqir əleyhissəlamın əzəmətini göstərmək məqsədilə gündə iki dəfə o Həzrətin görüşünə gedərdi. Cabir Peyğəmbər məscidində camaatın arasında oturub (İmam Baqir əleyhissəlamın işlərinə irad tutan bə’zi şəxslərin cavabında) Peyğəmbərin (səlləllahu əleyhi və alih) uzaqgörənliyini rəvayət edirdi.